Son numerosos neurotransmisores constituidos por entre 3 y 40 aminoácidos unidos por enlaces peptídicos ampliamente distribuidos, tanto en el SNC como en el SNP. Estos se unen a receptores metabotrópicos y tienen acciones tanto inhibitorias como excitatorias, dependiendo del tipo de receptor metabotrópico en la sinapsis. Los neuropéptidos se forman en el cuerpo celular de la neurona, se acumulan en el interior de vesículas y son transportados hacia los axones terminales. Además de su función como neurotransmisores, muchos neuropéptidos también actúan como hormonas que regulan las respuestas fisiológicas en otras partes del cuerpo. Entre ellos están:
1) Encefalinas: Son dos moléculas, cada una formada por una cadena de cinco aminoácidos, su potente efecto analgésico (supresión del dolor) es 200 veces más potente que el de la morfina.
2) Péptidos Opioides: Se hallan las endorfinas que inhiben los impulsos dolorosos por la supresión de la liberación de la sustancia P; podrían cumplir una función en el aumento de la memoria, en el aprendizaje, en el control de la temperatura corporal, con la regulación de las hormonas que afectan el comienzo de la pubertad, en la actividad sexual, en la reproducción y en las enfermedades mentales como la depresión y la esquizofrenia. Y las dinorfinas podrían estar relacionadas con el control del dolor y el registro de las emociones como con sentimientos de placer o euforia.
Se piensa que estos neurotransmisores son los analgésicos naturales del cuerpo. La base de la acción analgésica (pérdida de la sensación dolorosa) de la acupuntura residiría en la liberación de opioides endógenos.
3) Sustancia P: Es liberado por neuronas que transmiten aferencias relacionadas con el dolor, es decir, son mayormente excitatorio a las sensaciones de dolor, que va desde los receptores nociceptivos periféricos hacia el sistema nervioso central y aumentan la percepción del dolor. En este sentido, estos se localizan en el encéfalo, médula espinal, rutas sensoriales de dolor y tracto gastrointestinal.
Por otra parte, las encefalinas y las endorfinas suprimen la liberación de sustancia P, que causan una disminución del número de impulsos nerviosos relacionados con sensaciones dolorosas que son retransmitidos hacia el encéfalo. Se ha demostrado también que este neurotransmisor contrarresta los efectos de ciertos elementos químicos nocivos para los nervios, y esto condujo a la a especulación sobre si podría ser útil en el tratamiento de procesos de degeneración nerviosa.
4) Colecistoquinina (CCK): Como neurotransmisor se encuentra principalmente en la corteza cerebral y en otras zonas como la retina, el hipocampo, el hipotálamo y la médula espinal. Ejerce un papel como neurotransmisor o neuromodulador, actuando sobre las neuronas de la sustancia gris periacueductual, que están relacionadas con la percepción del dolor, y sobre las neuronas del hipotálamo medial, que se encargan de controlar la ingesta de alimentos.
Los niveles de CCK se suelen elevar hacia el final de la comida, desencadenando los mecanismos de saciedad. La presencia de este neurotransmisor en la amígdala y en algunas zonas de la corteza cerebral, ha llevado a los investigadores a sugerir que podría tener un papel relacionado con las emociones. También se ha descubierto que la colecistoquinina tiene una función ansiogénica (que causa ansiedad) en el cerebro, debido a que en diversos estudios se ha comprobado que inyectando agonistas en uno de los receptores de la CCK se producen cambios autonómicos y comportamentales asociados con sensaciones como el miedo y la ansiedad, mientras que las sustancias antagonistas provocan todo lo contrario.
Además, parece interactuar en las sinapsis con otro neurotransmisor, la dopamina, sobre todo en las fibras nigroestriatales que inervan el cuerpo estriado y el núcleo accumbens, una estructura cerebral implicada en los sistemas de recompensa y encargada de integrar la información motivacional con las emociones y las acciones motoras.
5) Angiotensina II: Como neurotransmisor estimula la sed y podría regular la presión arterial en el encéfalo.
6) Hormonas Hipotalámicas Liberadoras e Inhibidoras: Producidas por el hipotálamo, regulan la liberación de hormonas por parte de la adenohipófisis.